Entre 1491 y 1812 Santo Domingo de la Calzada fue ciudad de realengo y la capital del Corregimiento de Rioja, un amplio territorio que abarcaba prácticamente toda La Rioja Alta y zonas limítrofes de la actual provincia de Burgos. El corregidor era un funcionario de la Corona que reunía varias atribuciones de gran importancia, pues presidía el ayuntamiento de la ciudad, era juez en primera instancia en lo civil y lo criminal con jurisdicción en su amplio territorio, supervisaba los abastos, se encargaba de la recaudación de los arbitrios e impuestos, organizaba las levas, y era el responsable de la policía y del orden público.
Este edificio fue diseñado y construido para albergar la sede de dicho Corregimiento y de la Cárcel Real, comenzándose su construcción en 1761. Sustituyó al que, desde época medieval, estuvo ubicado en la vieja plaza Real, hoy de la Catedral o del Santo, que hasta principios del siglo XVIII fue la antigua plaza mayor de la ciudad. Al encontrarse en un estado deplorable, fue vendido al cabildo de la catedral, que lo derribó para elevar en su solar la torre campanario de la misma.
El Corregimiento y Cárcel Real fue trazado por el arquitecto vasco Martín de Arluciaga, siendo entonces corregidor de la ciudad Pedro Nolasco García Celdrán. En 1763 la obra estaba muy avanzada y terminada la planta baja destinada a cárcel, si bien el edificio no se concluyó hasta 1768.
Ocupando la parte inferior se ubicó la cárcel y otras dependencias. En la planta intermedia estaba la capilla, otras celdas, entre ellas para mujeres, y la vivienda del carcelero o alcaide. En el piso principal se instalo la sala de vistas y reuniones y la vivienda del corregidor. En la parte trasera había un patio y huerto.
A partir de la aprobación de la Constitución liberal de 1812 desaparecieron los corregimientos y el edificio se convirtió en juzgado de primera instancia. Tuvo esa función hasta su supresión en 1966, pasando posteriormente a ser Juzgado de Distrito y finalmente de Paz hasta 1999. La cárcel siguió manteniéndose en uso hasta entonces, si bien en las últimas décadas sirvió como precario calabozo.
Se trata de un edificio especialmente singular y de gran valor por ser uno de los escasos ejemplos de Corregimiento y Cárcel Real conservados. Por otro lado, es una muestra de la relevancia política, judicial y económica que adquirió la ciudad durante el antiguo régimen, la cual se mantuvo hasta bien avanzado el siglo XIX.
La Cárcel Real de Santo Domingo de la Calzada es un presidio construido en un momento en el que el derecho penal, entonces denominado criminal, tenía un marcado carácter represor y estaba destinado a castigar y disuadir la comisión de delitos. Las penas no tenían como fin la corrección, la reeducación y la reinserción social, por lo que las condiciones físicas de las cárceles respondían a esa función intimidatoria y represora del derecho. Eran lugares insalubres y propicios para la crueldad, el escarnio, el abuso y la infamia. Los castigos y las torturas fueron entonces algo habitual.
En el siglo XVIII las penas privativas de libertad no eran las habituales, por lo que la estancia en estas dependencias era temporal y provisional, aunque podía llegar a durar meses. Normalmente los presos permanecían en ellas al ser detenidos y hasta la celebración del juicio, y una vez juzgados, en espera de la ejecución de la sentencia. En el siglo XVIII, si la pena no era la de muerte, podía consistir en el destierro, la realización de trabajos en minas o caminos públicos, ir al ejército o directamente a la guerra, o ser confinado en presidios militares.
La Cárcel Real de Santo Domingo de la Calzada se conserva prácticamente tal y como se construyó. Cuenta con un vestíbulo, un pasillo, una celda individualizada, cuatro celdas comunicadas, una letrina, el depósito de cadáveres, la habitación del pozo de agua potable y un patio central. Conserva su frío e incómodo suelo original construido a base de cantos rodados, si bien en 1785 se entarimaron algunas celdas. Los techos están formados por gruesas vigas unidas, es decir, carentes de separación. Se trata de un precario sistema de seguridad, pero con ello se evitaba que los presos pudiesen horadar las bovedillas de separación y huir. La ventilación es escasa y se realiza a través de los pequeños ventanucos o huecos existentes en todas las celdas, los cuales sirven también para ofrecer iluminación.
Algunas celdas conservan argollas incrustadas en la pared que servían para amarrar cadenas o grilletes, pues se trataba de estancias en las que convivían varios presos. Con ello se evitaba no solo su huida, sino que se produjesen peleas entre ellos. No existía un servicio común de comedor y se alimentaban en las propias celdas con la comida que les traían sus familiares, conocidos o gracias a la caridad de instituciones religiosas. Dormían sobre jergones de paja y en algún momento hubo camastros de madera.
A esta estancia se accedía desde el exterior del edificio a través del patio interior. Destaca la gran piedra monolítica situada en uno de sus lados, la cual servía para depositar en ella los cadáveres y en su caso proceder a su limpieza o autopsia bajo la supervisión del corregidor o del juez.
En esta estancia se encuentra el pozo de donde se extraía agua procedente del gran acuífero situado bajo la ciudad. Hasta finales del siglo XIX fue la forma habitual de abastecimiento de agua potable para la población. Estaba destinado al servicio de la cárcel. Posiblemente aquí se encontraba el lavadero.
En el centro del edificio se sitúa este pequeño patio al que salían los presos para tomar el aire. Siendo sus distracciones escasas, muchas veces empleaban el tiempo escribiendo en las paredes sus nombres, las fechas de su presidio o los motivos por los que estaban encarcelados. Este fue el caso de unos jóvenes de Baños de Río Tobía que fueron condenados en 1832 a ir 8 años a las armas por pegarle al alcalde. Hay muchas fechas, nombres de personas -exclusivamente hombres-, y lugares de procedencia. La inscripción más reciente es de 10 de mayo de 1954 y está firmada por Julián Sáez.
Desde el patio parte una escalera hacia el piso intermedio, lugar en el que también había alguna celda hoy desaparecida. A través de ella los detenidos accedían a la sala de vistas para ser juzgados.
La curiosa puerta elevada situada en el muro oeste daba a la capilla y desde ella el sacerdote celebraba misa, mientras los presos asistían desde el mismo patio. Existe en ese muro una inscripción en la que consta que en tiempos del corregidor José Fernández de Ocampo, en 1797, se realizó dicho muro.